- Trong cùng một thời gian, nếu có một khoản thu nhập được miễn thuế, giảm thuế theo nhiều trường hợp khác nhau thì cơ sở kinh doanh tự lựa chọn một trong những trường hợp miễn thuế, giảm thuế có lợi nhất và thông báo cho cơ quan thuế biết.
- Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục kể từ năm đầu tiên cơ sở kinh doanh có thu nhập chịu thuế chưa trừ số lỗ được chuyển. Trường hợp năm đầu tiên được miễn thuế, giảm thuế có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ dưới sáu tháng, cơ sở kinh doanh có quyền được hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay năm đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế từ năm tiếp theo.
- Cơ sở kinh doanh được thành lập trong các trường hợp dưới đây thì không đủ điều kiện được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo trường hợp cơ sở sản xuất mới thành lập hoặc dự án đầu tư thành lập cơ sở mới:
+ Cơ sở kinh doanh được thành lập do chia, tách, sáp nhập, hợp nhất theo quy định của Luật doanh nghiệp.
+ Cơ sở kinh doanh được thành lập do chuyển đổi sở hữu (trừ các doanh nghiệp nhà nước thực hiện cổ phần hoá theo Nghị dịnh số 64/2002/NĐ-CP ngày 19/06/2002 của Chính phủ và doanh nghiệp Nhà nước thực hiện giao, bán, khoán, cho thuê theo Nghị định số 103/1999/NĐ-CP ngày 10/09/1999 của Chính phủ);
+ Cơ sở kinh doanh được thành lập do đổi tên từ những cơ sở kinh doanh đang hoạt động trước đây như: chủ hộ kinh doanh cá thể thành lập doanh nghiệp tư nhân với ngành nghề kinh doanh như cũ và trụ sở kinh doanh vẫn đóng tại địa điểm kinh doanh cũ; chủ doanh nghiệp tư nhân giải thể doanh nghiệp để thành lập lại doanh nghiệp tư nhân; công ty hợp danh hoặc tham gia thành lập công ty trách nhiệm hữu hạn trên cùng một địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tư cách là chủ tịch hội đồng thành viên hay là người có số vốn góp cao nhất trong vốn điều lệ của công ty; chủ tịch hội đồng thành viên hay là người có số vốn góp cao nhất trong công ty trách nhiệm hữu hạn đang hoạt động, nay thành lập doanh nghiệp tư nhân, công ty hợp danh hoặc tham gia thành lập công ty trách nhiệm hữu hạn khác mà họ vẫn là chủ tịch hội đồng thành viên hay là người có số vốn góp cao nhất trong vốn điều lệ của công ty mới thành lập.
- Cơ sở kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế nếu đồng thời có nhiều hoạt động kinh doanh thì phải theo dõi hạch toán riêng thu nhập của hoạt động kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán riêng được thì thu nhập của hoạt động kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế được xác định bằng (=) tổng thu nhập chịu thuế nhân (x) với tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hoạt động kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế và tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh.
